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下位分類（国産既知種のリスト）

アミメカワゲラ亜科 Perlodinae
　ヒロバネアミメカワゲラ族 Arcynopterygini
　　オオアミメカワゲラ属 Megarcys
　　　　・オオアミメカワゲラ Megarcys ochracea Klapálek, 19012
　　ニッコウアミメカワゲラ属 Sopkalia
　　　　・ニッコウアミメカワゲラ Sopkalia yamadae (Okamoto, 1917)
　　ヒロバネアミメカワゲラ属 Pseudomegarcys
　　　　・ヒロバネアミメカワゲラ Pseudomegarcys japonica Kohno, 1946
　　ヒメアミメカワゲラ属 Skwala
　　　　・ヒメアミメカワゲラ Skwala compacta (McLachlan, 1872)
　　　　・ミスジアミメカワゲラ Skwala natorii Chino, 1999
　アミメカワゲラ族 Perlodini
　　アミメカワゲラ属 Perlodes
　　　　・フライソンアミメカワゲラ（＝アミメカワゲラ） Perlodes frisonanus Kohno, 1943
　　シノビアミメカワゲラ属 Megaperlodes
　　　　・シノビアミメカワゲラ Megaperlodes nigar Yokoyama et al., 1986
　　コウノアミメカワゲラ属 Tadamus
​　　　　・コウノヒメカワゲラ Tadamus kohnonis (Ricker, 1952)
　アミメカワゲラモドキ族 Diploperlini
​　　ヒメカワゲラ属 Stavsolus
　　　　・ヒメカワゲラ Stavsolus japonicus (Okamoto, 1912)
　　　　・アイヌヒメカワゲラ Stavsolus ainu Teslenko 1999
　　コグサヒメカワゲラ属 Ostrovus
　　　　・コグサヒメカワゲラ Ostrovus mitsukonis (Okamoto & Kohno, 1940)
　　　　・ニッコウコグサヒメカワゲラ（＝クロコグサヒメカワゲラ） Ostrovus nikkoensis (Okamoto, 1912)
　　アサカワヒメカワゲラ属 Kogotus
　　　　・アサカワヒメカワゲラ Kogotus asakawae (Kohono, 1941)

クサカワゲラ亜科 Isoperlinae
　　クサカワゲラ属 Isoperla
　　　　・アイヅクサカワゲラ Isoperla aizuana Kohono, 1953
　　　　・アルタイクサカワゲラ Isoperla altaica Šámal, 1939 (Syn. Isoperla azusana Kohono, 1953)
　　　　・ホソクサカワゲラ Isoperla debilis Kohono, 1953
　　　　・フクシマクサカワゲラ Isoperla fukushimensis Kohono, 1953
　　　　・カッパクサカワゲラ Isoperla kappa Ishizuka, 2002
　　　　・オニクサカワゲラ Isoperla motonis (Okamoto, 1912)
　　　　・フタスジクサカワゲラ Isoperla nipponica Okamoto, 1912
　　　　・オカモトクサカワゲラ Isoperla okamotonis Kohono, 1941
　　　　・ヤマクサカワゲラ Isoperla shibakawae Okamoto, 1912
　　　　・スズキクサカワゲラ Isoperla suzukii Okamoto, 1912
　　　　・トワダクサカワゲラ Isoperla towadensis Okamoto, 1912
　　　　・ウエノクサカワゲラ Isoperla uenoi Kawai,1967
　　トゲクサカワゲラ Kaszabia 
　　　　・トゲクサカワゲラ Kaszabia digitata (Kawai, 1963)
　　（日本産水生昆虫 第二版（川合・谷田 編，2018）；川虫図鑑 成虫編（丸山・花田 編，2016）に基づく）

​以上、12属26種が知られているほか、過半数の属に未記載種の存在が確認されています。アミメカワゲラモドキ族とクサカワゲラ属は種数が多く、識別が難しいです。